449 ответов в теме

[Лабай А.А.]

Сначала проверим этот гаплотип в формате Y-12.

Имеем следующий результат:

 

Неизвестный субклад – 31,66%

Т -L131 – 34,6%

T- CTS933 – 6,02%

T- Y11151 - 0,13%

T -Y4119 – 11,51%

T Y3781 -  1,41%

Т- Y29991 – 0,07%

Т- FGC80981 – 6,49%

Т- Y4963 – 2,7%

 

NEVGEN подталкивает нас выбрать неочевидный ответ – T-L131.

 

Теперь обработаем этот гаплотип в формате Y-37. Картина кардинально меняется:

 

Т-L131- 100%.

 

Этот результат подтверждает и тест на снипы.

 

Таким образом, с французским гаплотипом у нас полная ясность, но отметим, что у него тоже свой DYS385.

[Лабай А.А.]

Польский гаплотип из Козинца точно имеет мутацию M70 и в формате Y-12 не отличим от первых двух. Но в формате Y-67 даёт такой расклад:

Т-FGC80981 – 97, 1%.

Т-Y4963 – 0,24%

[Лабай А.А.]

И наконец-то переходим к гаплотипу из ОАЭ. В формате Y-12 он точно такой, как и первые два. Но у нас есть и формат Y-111. По нему предсказатель гаплогруппы выдаёт сообщение:

 

T-Y4963 – 99,2%

 

На самом деле тест показывает более глубокий субклад - T-BY28603.

 

Теперь о маркере DYS385.

[В.Юрковец]

Да-а... Что-то я там оригинально, мягко говоря понял. Надеюсь, больше не повторится. Приношу извинения, коллега.

[Лабай А.А.]

Да-а... Что-то я там оригинально, мягко говоря понял. Надеюсь, больше не повторится. Приношу извинения, коллега.

Валерий Павлович! Всегда рад помочь.

[Лабай А.А.]

DYS385 это человеческий Y-хромосомный тетрануклеотидный микросателлит [GAAA]_N с дуплетом, расположенных на двух разный сайтах y-хромосомы (A и .

N это количество повторов тетрануклеотида в локусе (аллель).

 

В идеальном случае N_A=N_B, но из-за мутаций часто N_A≠N_B. В общечеловеческой популяции N в DYS385 варьируется от 6 до 28 ( 23 целых числа и 36 дробных), иногда встречается 36 и 0. В гаплотипах формата FTDNA  N_A и N_B не различаются. Запись производится в порядке: Меньшее число – Большее число. В нашем «предковом» гаплотипе мы видим:  DYS385 = 14-16.

 

Часто встречается мнение, что первая цифра это аллель сайта А, а вторая – В. Но это не так. Истину может установить только тест Киттлера. Пример для субкладов R1:

 

R1a: DYS385 modal = 11-14, DYS385a(K) = 11, DYS385b(K) = 14

R1b: DYS385 modal = 11-14, DYS385a(K) = 14, DYS385b(K) = 11

 

Как видите, без надёжного разделения DYS385 на DYS385a и DYS385b можно здорово промахнуться.

 

Если вернуться к гаплогруппе Т, то среди 2618 гаплотипов мы видим в DYS385 следующую картину:

 

1. «Идеальных» DYS385 имеется всего 8 штук (по 3 штуки 12-12 и 18-18 и по одной – 15-15 и 17-17). Только вариант 12-12 может претендовать на «предковый», так как тяготеет к вышестоящим гаплогруппам.Остальные – типичная гаплогруппа Т.

 

2. На «меньшей» позиции имеем следующие аллели: с 10 по 18 (9 шт.). Nсред=Nmoda=14. Распределение аллелей между сайтами А и B неизвестно.

 

3. На «большей» позиции встречаются 9 аллелей ( с 12 по 20). Nсред=Nmoda=16. Распределение аллелей между сайтами А и B неизвестно.

 

4. Среди «предковых» гаплотипов проекта «Российская Империя» мы имеем четыре  DYS385=14-16, один 16-17 (нижегородский) и один 13-16 (французский). Соответственно мода – 14-16.

 

Вывод простой – с DYS385 надо быть осторожным в генеалогических выводах, хотя его дифференцирующая роль в судебной и популяционной генетике бесспорна.

[Лабай А.А.]

С учётом вышеизложенного, можно выдвинуть следующую рабочую гипотезу развития «предковой» группы проекта «Российская Империя»:

https://photos.app.g...iGwRg9dSbR3PPb7

 

 

 

Безусловно, новые данные по этим гаплотипам могут изменить картину, но пока что выросло, то выросло, а мы можем двигаться дальше.

 

[Лабай А.А.]

Вернёмся к фрагменту дерева гаплотипов (https://photos.app.g...Jgj4VHjXBpLJft6).

От предковой группы гаплотипов до точки «a» идёт утерянная линия (линии?), о которой нам ничего не известно. Однако к точке «a» примыкает терминальный гаплотип 83 (г.Шуша, Карабах).

 

Предиктор по Y-67 уверенно указывает на субклад T >> CTS11451> Y4119>> CTS6280. Тест тоже подтвердил мутацию CTS6280.

 

По Yfull субклад Т- CTS6280 образовался 5000-3700 лет назад, но это не значит, что он появился  в Карабахе.

 

Для начала в базе БД_2618_Т найдём «родственные» Y-12 гаплотипы. Вместе с карабахским таких оказалось 30 штук. Среди них 3 неизвестных и 26 не имеющих отношения к Российской Империи. Добавим к ним шесть «предковых» гаплотипов  и построим новое дерево.

[Лабай А.А.]

Дерево выглядит так:

https://photos.app.g...8bb1y1ECAswCQo8

Гаплотипы географически распределяются следующим образом :

https://photos.app.g...PxA7xAf4UdNgsr5

Осталось связать эту картину с деревом снипов и посмотреть,что получилось.

 

[В.Юрковец]

 

Валерий Павлович! Всегда рад помочь.

Благодарю, коллега!

[Лабай А.А.]

Для удобства форма дерева гаплотипов и снипов изменена и теперь выглядит так:

https://photos.app.g...5Wrscjbz8hj4EE7.

 

 

 

 

Теперь можно перейти к обсуждению результатов.

 

[Лабай А.А.]

Нижегородский гаплотип формата Y-12 (по БД_2618_T №1517) является на сегодняшний день уникальным. Очень жалко, что мы не имеем другого формата или тестов на снипы. Но что есть, то есть. Этот гаплотип, на мой взгляд, может претендовать на звание «предкового гаплотипа гаплогруппы Т», но это требует отдельного исследования.

 

Где возникла эта ветвь гаплотипов с DYS385=16-17 неизвестно, но по имеющейся информации образец связан с этимологически прозрачной русской фамилией и прослеживается до второй половины 17 века в Нижегородском уезде. Высокая степень неопределённости терминального снипа (55,81% по NEVGEN) позволяет предположить, что ветвь возникла примерно 18500 лет назад или даже раньше. Рискну предположить, что у носителей этого гаплотипа всё-таки имеется мутация М70 на 100%.

 

В пользу автохтонности нижегородского гаплотипа косвенно говорят следующие факты:

 

1. Отсутствие этих гаплотипов в других регионах мира.

2. Наличие в верховьях р. Волги и р.Москвы памятников финального палеолита.

 

Портят нарисованную картину другие моменты:

 

1. Единичность гаплотипа.

2. Отсутствие радиоуглеродных датировок с памятников финального палеолита.

3. Отсутствие древней ДНК.

 

Есть ещё один момент, связанный с другим гаплотипом.

 

[Лабай А.А.]

Если внимательно посмотреть на дерево гаплотипов, то можно заметить что узлы 1,2,3а,3б и 4 это по сути одна популяция предковых гаплотипов Т>>T-L206<T-M70 до их разделения на три терминальных субклада Т-Y11151, Т-L151 и Т-L162. В настоящее время их образование относят к одному интервалу – 17200…14700 лет назад. Учитывая, что субклад T-L206 возник 29300-24500 лет назад, то нижегородский гаплотип можно отнести к периоду 29300-14700 лет назад.

По структуре имеющихся гаплотипов можно сделать ряд выводов.

[Лабай А.А.]

Если считать, что количество мутаций в гаплотипе есть функция от времени М(t), то самой «древней» генетической линией является группа гаплотипов (№№ 651, 1107, 1933 2247) из субклада T >>M70>>L162>> CTS11451> Y4119>> Y4984.

 

По отношению к нижегородскому гаплотипу  у них 7 мутаций (М=7).

 

Эти четыре линии разошлись по трём терминальным группам: Т-CTS6280,T- FGC80981 и T-Y63308. В формате Y-12 гаплотипы не различимы, а по снип субклад T-Y63308 образовался раньше – 5100 лет назад.

 

Гипотетически мы имеем дело с миграционным направлением Волга-Каспий-Закавказье-Малая Азия со времён 7100-5400 лет назад.

Этот регион имеет богатую историю и, естественно, возникает желание сочинить красивую историю гаплогруппы Т, но торопиться не будем.

[Лабай А.А.]

16000 лет назад образовался субклад T-Y11151.

 

Среди наших гаплотипов есть только один представитель – номер 747 на Аравийском полуострове. Правда у него есть мутация BY87237, возникшая всего 350 лет назад. От нижегородского гаплотипа №747 отличается по формату Y-12 на 6 мутаций. Субклад T>>M70> Y11151 довольно интересный, но к проекту «Российская Империя» его в настоящее время пристегнуть не получается.

 

Вторая линия гаплотипов T>>M70>L162>>Y4119, выходящая из точки 3б, тоже имеет 6 мутаций, но сформировалась она 8500 лет назад. Из 20 гаплотипов самым интересным является №2550 из Англии.Но это другая история.

[Лабай А.А.]

По 5 мутаций от нижегородского имеют гаплотипы №№ 1438,1443,1898, 701 и 696, входящие в две другие генеалогические линии субклада Т(42,6 тыс.л.н.)>>M70(18,5 тыс.л.н.)>L162(16тыс.л.н.)>>Y4119(8,5 тыс. л.н.)>>Y4964(4,3 тыс. л.н.) >>Y4963 и FGC80981(оба 4,3 тыс. л.н.).

Одну линию (1438, 1443 и 1898) можно назвать месопотамской. А вторая разошлась между Малой Азией (701) и Аравией (696).

Но у нас нет подтверждающей древней ДНК, да и полное тестирование на SNP может изменить картину. А пока создаётся впечатление продвижения гаплогруппы Т с севера на юг.

[Лабай А.А.]

Гаплотип 2521 имеет всего 4 мутации, но стоит особняком.

Во-первых, он принадлежит к субкладу Т>>M70>L131. Во-вторых, он происходит из Западной Европы. Если вспомнить про английский гаплотип (2550), то возникает вопрос – откуда они там взялись? Ответ поищем чуть позже.

 

[Лабай А.А.]

Ещё одна генеалогическая линия Т(42,6 тыс.л.н.)>>M70(18,5 тыс.л.н.)>L162(16тыс.л.н.)>>Y4119(8,5 тыс. л.н.)>>Y4964(4,3 тыс. л.н.) >> FGC80981(оба 4,3 тыс. л.н.) разошлась между Восточной Европой (413) и Аравийским п-овом (2355 и 965). Эти гаплотипы от нижегородского (1517) отличаются на 3 мутации. И опять мы видим странную ось Восточная Европа – Аравия. Проще всего списать европейские гаплотипы на миграцию с юга, но предлагаю не торопиться, а заняться поиском гаплотипов Т-L131.На это мне потребуется некоторое время.

[Лабай А.А.]

Разбор гаплотипов занял больше времени, чем я расчитывал, но усилия того стоили. Теперь каждый гаплотип приписан при помощи предикторов к основным субкладам гаплогруппыТ-CTS7855. Во время сортировки пришлось отказаться от семи гаплотипов, не удовлетворяющих ни одному  критерию гаплогруппы Т. Таким образом, на июль месяц база данных гаплогруппы Т состоит из 2611 гаплотипов. Из них 650 гаплотипов относятся к субкладу Т-L131. К этому пулу добавляем 31 гаплотип Т-M70, которые предикторами глубже не распознаются,  и определяем «модальный» гаплотип выборки. Обе выборки (N=650 и N=681) дают один и тот же гаплотип modal=13 23 13 10 13-17 11 12 11 14 13 30.

Предиктор NEVGEN уверенно относит этот Y-12 гаплотип к субкладу Т-L131 (17200-14700 л.н.), а по Y-111 даже к T- L131 > CTS933 (8900-6700 л.н.). Другими словами. это тонкий намёк на «бутылочное горлышко» субклада Т-L131  в 7-5 тыс. до н.э.

Теперь добавляем гаплотип modal к выборке N=681 и строим дерево.

[Лабай А.А.]

 

(https://photos.app.g...dMJFn94k2hRnV87)