449 ответов в теме

[Лабай А.А.]

Да, Валерий Павлович! Весьма любопытно. Это стоит прокомментировать. Только чуть позже.

[Лабай А.А.]

Недавно моё внимание обратили на то, что в сообщении №249 я допустил ошибку. Это касается слов «проверялось на многих парах отец-сын».  Пришлось обращаться к первоисточнику и вот что я выяснил.

Автор (John F. Chandler) пишет о следующем.

1. Мутации появляются очень-очень-очень  редко.
2. Проходит не одно поколение, прежде чем случится это событие.
3. В таких условиях набор статистически значимых данных потребует безумно много времени и средств.
4. Но это очень важная работа и приходится искать методы для обхода этой проблемы.
5. В частности он считает, что есть довольно простой метод: «I develop expressions for the “mutation model curve” (MMC) of Hutchison et al. (2004) and outline a procedure for using the high-match end of the MMC for extracting mutation rates».(перевод не даю, так как могу ошибиться)
6. Этот метод предполагает, что частота мутаций не зависит от времени, окружающей среды и гаплотипа.
7. Автор понимает, что такое ограничение может быть ложным, но в настоящее время детально проанализировать можно только  влияние гаплотипа.
8. Было исследовано 8430 37-маркерных гаплотипов, половина из которых принадлежала гаплогруппе R1b.
9. Примененная математическая вероятностная модель позволила определить средние частоты мутаций в гаплотипах FTDNAна поколение:

12-маркерный – 0,00187

25-маркерный – 0,00278±0.00042

37-маркерный- 0,00492 ± 0,00074

 

10. Для конкретных маркеров (локусов) была составлена известная таблица:

Другими словами, моя ошибка ничего не меняет в самом сообщении, так как частота мутации для DYS391 указана верно. Плюс информация об ограничениях метода и о составе исследуемых гаплотпов (преобладание R1b) усиливает моё подозрение (см. сообщение №237) http://dna-genealogy...ge-12#entry2419.

[Лабай А.А.]

Итак, какова цель этого анализа? Отказаться от того, что уже наработано Академией ДНК-генеалогии?

 Нет, Валерий Павлович! Отказываться от наработок не надо. Но то, что вижу я, может увидеть любой, кто копнёт глубже. Недаром история вопроса частоты появления мутаций имеет богатую историю. Кто хочет, может посмотреть здесь:

https://docs.google....dit?usp=sharing

Так в чём сила ДНК-генеалогии?

На мой взгляд, эта наука стала непотопляемой, когда А.А.Клёсов предложил рассматривать группы людей (в виде гаплотипов) как биологические системы, в которых процесс накопления мутаций в гаплотипах представляется  чисто физико-химичесим явлением и его можно описать кинетическим уравнением реакции первого порядка:

С = С_о * e^-kT .

Если кто ещё не знает дальнейшей истории, то рекомендую обратить свой взор на ресурс "Переформат" и удовлетворить своё любопытство.

Для меня главное, что многолетним итогом развития расчетной части ДНК-генеалогии  стал калькулятор Килина-Клёсова, позволяющего делать расчёты TMRCA c приемлемой на сегодня точностью.

Вот и будем его использовать в наших целях - для раскрытия тайн гаплогруппы Т.

[В.Юрковец]

А Вы не подменяете мутации "в группах людей" мутациями в некодирующей части Y-хромосомы, уважаемый Александр Анатольевич? Насколько я понимаю, эти два процесса, опять же, тождественны только в случае однородной выборки. И чем длиннее панель, тем меньше временной интервал этой тождественности.

[Лабай А.А.]

Вы правы, Валерий Павлович! Я сказал что-то вроде "деньги", а вы уточнили типа "пять рублей". Вот, например, определение термина "мутации" в генетике:

 

В данном случае идет речь о любой мутации , которая возникает в геноме.

Для ДНК-генеалогии интересны не все мутации, а конкретные :

 

Но в коротком разговоре проще использовать короткие фразы. Главное не выходить за пределы темы, например ДНК-генеалогии. Если мы говорим о ДНК-генеалогии, то вполне корректно говорить о мутациях у людей, входящих в группы. Какие могут быть группы? Любые. Например:

1. Граждане России.

2. Жители Владимирской области.

3. Родные

4. Врачи без границ и т.д.

Для каждой группы можно посчитать TMRCA.

Но возникает вопрос - в чём критерий правильности такого расчета?

Это должны быть родственники .

По каким критериям их отобрать?

1.Род Номо крупноват.

2.По письменным документам не всегда очевидно (нет документов, семейные тайны).

3. Гаплогруппа - уже лучше.

4. Субклад ещё лучше.

5. Если люди имеют одинаковые гаплотипы, то это почти точно родственники. Но тогда мы не можем определить TMRCA.

Вывод, кажется, напрашивается сам собой - гаплотипы должны отличаться друг от друга чуть-чуть и принадлежать родственникам. В ДНК-генеалогии придуман термин - "однородная выборка"

Маленькое отступление:

ОДНОРО́ДНЫЙ, однородная, однородное; однороден, однородна, однородно (книжн.).

1. Относящийся к одному и тому же разряду, роду. Однородные понятия, однородные величины (могущие быть выраженными одной и той же мерой; мат.).

|| Одинаковый, похожий на другого, на другое. Однородные убеждения. Я знаю много однородных случаев.

2. Одинаковый во всех своих частях, состоящий из одинаковых частей. Однородный металл. Вода - вещество однородное.

 

Толковый словарь Ушакова. Д.Н. Ушаков. 1935-1940.

Но вернемся к ДНК-генеалогии. Качественная сторона термина "однородная выборка" - расчеты показывают TMRCA реального предка этой выборки. Соответственно, "неоднородная" - указывает на TMRCA фантомного предка. Разница между этими TMRCA  - ошибка расчетов. Хочешь правильный ответ - улучшай "однородность" выборки.

Но как определить эту "однородность" физически?

Представим себе, что в лабораторию попали 10 однотипных деталей. Стоит задача узнать место их изготовления.

1. Для начала проверяем клеймо.

2. Проводим исследования - химические, трассологические, обмеры и т.п. (составляем многомерный портрет каждой детали).

3. Делим на кластеры ( т.е. на группы с максимальными признаками). Выдвигаем гипотезу, что сколько групп, столько и мест изготовления.

4. Начинаем по косвенным признакам гадать где каждый кластер был изготовлен.

Всё становится более радостней, если у нас есть образцы с каждого завода и мы можем сопоставить их с кластерами. Но всегда остаётся вероятность нарваться на фальшивку.

В случае с гаплотипами примерно тоже самое.

1. Определяем гаплогруппу, субклад (клеймо)

2. Строим филогенетическое дерево гаплотипов.

3. Делим гаплотипы на кластеры.

4. Определяем TMRCA кластера.

Но где взять образцы?

Получить другим методом.

Итак, линейный метод: n/N=k*t, где N - число гаплотипов в выборке, n-число мутаций в N гаплотипах, k- константа скорости мутации ( в числе мутаций на гаплотип за условное поколение, равное 25 лет), t - число условных поколений, с табличной поправкой на возвратные мутации .

Логарифмический метод:

Ln(N/N₀)=k*t, где N_{0 -} число одинаковых (без мутаций)  гаплотипов из N гаплотипов выборки.

Выборка из N гаплотипов будет "однородной" если выполняется равенство n/N=Ln(N/N₀). Допускается расхождение, примерно, не более 10%. Как видим, однородность не зависит напрямую от длины гаплотипа и его вида. а также от коенстанты скорости мутации. Единственное, что начиная с  67-маркерных гаплотипов в выборках одинаковые гаплотипы это редкость. Обычно это близкие родственники.

[Лабай А.А.]

Это теория. Посмотрим на практике.

В базе FTDNA есть три интересных гаплотипа гаплогруппы Т. Страна происхождения - Нидерланды. Указан один и тот же предок -Соломон Хаим, 1745г.

Гаплотипы обьеденены в одну группу T-Z19963 (L208+ CTS11451-) DYS492=9. Это субклад Т1а1а по классификации ISOGG 2015.

Два 67-маркерных гаплотипа одинаковые. В выборке  набежало 2 мутации.

Считаем: Ln(3/2)=0,41. Далее 2/3=0,7. Расхождение 41%.  Вывод: выборка "неоднородная".

По калькулятору "КК"  TMRCA_лм67= 140+-100 лет назад. Это 1876 год +-100 лет.

Жалко нет информации о степени родства этих людей и их генеалогической линии..

[В.Юрковец]

Здесь не понял, уважаемый Александр Анатольевич. На трёх гаплотипах иллюстрировать корректность-некорректность статистической в своей основе методики... это как?

[Лабай А.А.]

Да никак, Валерий Павлович! Днк-генеалогия говорит однозначно:

 

 А этой семье не повезло. Всего три человека. Хоть и родственники, а выборка неоднородная.

[В.Юрковец]

Я об этом же. Но я, задавая этот вопрос, преследовал конкретную цель. Я хотел, чтобы Вы, уважаемый Александр Анатольевич, сформулировали тезис, который Вы предполагали обосновать в результате рассмотрения этих трёх гаплотипов. Этого не случилось и понятно почему. Потому что называть эту "выборку" неоднородной не только нельзя, её нельзя даже назвать выборкой. Что в итоге? На мой взгляд, ничего.

 

Поэтому у меня предложение. Чтобы наша беседа не носила характер броуновского движения, сформулируйте положения, которые Вы предполагаете обосновать. Но не в форме "трёх пунктов", как на предыдущей странице, которые неконкретны, а в форме конечного продукта. Например, один тезис Вы, пусть и в неявной форме, но уже сформулировали - "мутации в одних и тех же локусах, но в в разных гаплогруппах могут иметь разную скорость". Тогда доказательства можно будет выстраивать планомерно и наш разговор станет конкретным.

[Лабай А.А.]

Валерий Павлович! Цель одна - маленькие истории гаплогруппы Т. Я постоянно напоминаю, что гаплотипы это прежде всего люди. А эти три гаплотипа, не просто люди, а потомки одного предка из 1745 года. Есть и другие родственные микроветви. Из моего примера видно, что для них определение гаплотипа принципиально ничего не дает нового. ДНК-генеалогия рассматривает скорее род, чем семью. Т.е. более разветвлённую структуру.

В базе данных FTDNA сейчас 532 67-маркерных гаплотипа. Это на три десятка больше, чем в прошлом году. Вот они моя цель.

[В.Юрковец]

Понятно, Александр Анатольевич. Я так понимаю, Вы попробовали было подняться на некий новый уровень обобщений, более высокий, но то ли материала оказалось маловато, то ли цель была выбрана неверно, поэтому пока удаляетесь в свой удел - маленькие истории гаплогруппы Т. Что ж, всему своё время. Будем ждать новых открытий!

[Лабай А.А.]

Да, Валерий Павлович! Лучше синица в руках, чем журавль в небе . Но история гаплогруппы Т не может быть маленькой - она может быть неизвестной. Но раз дошла до современности, то весьма продолжительной.

В целом, я уже определился с исследованиями по  "глобальным" вопросам. Это потребует времени и написания ряда алгоритмов или применения специальных программ, которые надо будет освоить.

Безусловно, своими открытиями поделюсь.

[Лабай А.А.]

Сегодня я решил показать, что было бы, если бы из поколения в поколение в NRY Y-хромосомы не проскакивали бы мутации. На этом рисунке филогенетическое дерево из 532 штук 67-маркерных  абсолютно родственных гаплотипов. Они могли бы сохранится от предка или стать продуктом возвратных мутаций, но информации в таком дереве о TMRCA нет.

Именно с такой формы дерева начинается эволюция мутаций.

[В.Юрковец]

Куда-то Вы опять клоните, Александр Анатольевич...

[Лабай А.А.]

Представляете, Валерий Павлович, дерево без мутаций - это то, с чего начинается гаплогруппа. Через несколько десятков тысяч лет дерево выглядит не так уже эстетично:

Это дерево составлено из 532-ух 67-маркерных гаплотипов гаплогруппы Т.

Как Вы думаете, Валерий Павлович, филогенетическое дерево гаплотипов отражает реальную генеалогию? Или это просто математическая модель?

[В.Юрковец]

Реальную - нет, строго говоря. Но в первом приближении - на уровне временного интервала, своего для каждой панели (протяжённости гаплотипа) - таки да. Т.е. Это величина статистическая, со всеми вытекающими погрешностями. Для исторических реконструкций этого более чем достаточно.

[Лабай А.А.]

Согласен. Реальное генеалогическое дерево это демографическая функция во времени, почти никогда не известная. Вывести формулу, которая бы описывала когда и у кого родится сколько сыновей невозможно. Построено такое дерево может быть только по документам.

Филогенетическое дерево это группировка гаплотипов в кластеры по расстоянию между гаплотипами . Здесь "растояние" это количество мутаций между двумя, сравниваемыми гаплотипами.  Два "листа" дерева гаплотипов - это гаплотипы с наименьшим числом мутаций между собой. 0 или1 мутация это практически точно родственники.

По идее, выборка таких "листьев" даст самое древнее ТMRCA дерева гаплотипов. Надо будет посмотреть.

[В.Юрковец]

Вы имеете ввиду логарифмический метод? Если да, то что там смотреть - всё уже посмотрели до нас.

[Лабай А.А.]

Нет. То что смотрели до нас, то и так известно. Меня интересует другое. Так что терпение. Работа трудоёмкая.

Для интереса, в августе 2015г. 501 67-m гаплотип дал TMRCA 7000+-1100

В феврале 2016г. 532 67-m гаплотипа дают TMRCA 6616+-664.

Как видим, пусть и не значительное, но смещение к ранним временам.

Как думаете, Валерий Павлович, что мы наблюдаем?

[В.Юрковец]

Известно что - более молодая и более многочисленная ветвь потянула "одеяло общего предка" на себя.