449 ответов в теме

[Лабай А.А.]

Не так всё просто. Т могло появиться и раньше и позже R1a1 и R1b. "Устьишимец" имеет возраст 45 тлн и гаплогруппу K(xLT). Это не общий предок Т и R1a1 и R1b. Общий предок это гаплогруппа К. По расчетам А.Клёсова современные гаплотипы показывают общего предка возрастом 31 тлн Это может означать "бутылочное горлышко" гаплогруппы К. Но эта гаплогруппа должна была появиться раньше чем К(хLT). Таким образом от 45 тлн можно удревнить гаплогруппу К до 60 тлн. Выделение гаплогруппы LT могло произойти в пределах от 60 до 20 тлн. В  этот же период могла выделиться и гаплогруппа Т. Таже картина и с субкладами R.

На мой взгляд сейчас важный вопрос - где и с каким возрастом "всплывёт" древняя гаплогруппа К.

Может возникнуть вопрос - почему я взял 60 т.л.н ?  Основываюсь на расчетах А.Клесова, которые сводят предков многих гаплогрупп к этой дате.

[Лабай А.А.]

Есть ещё одна интересная история.

Известно, что среди этнических групп Hul, Bolan, Dongxiang и Sala на севере Китая гаплогруппа R1a1 встречается с частотами 18, 25, 32 и 22% соответственно.

А.Клёсов в книге «Происхождение человека»(2010))  приводит 31 гаплотип в формате DYS 19, 388, 389-1, 389-2, 393.  Их общий предок жил примерно 21000+_3000 лет.

Его условный гаплотип 14 -12- 13 -30 -13.

А это «индоевропейский» гаплотип из Индии с возрастом 4050 л: 16-12-13-30-13. Он отличается от китайского на 2 мутации.

А вот гаплотип с Русской равнины: 16-12-13-30-13 с возрастом 4750 л. Он тоже отличается на 2 мутации.

И ,наконец, гаплотип Т:  14-12-12-29-13.  Он тоже отличается на 2 маркера от китайского, но на 4 от «индоевропейского» и  на 4 от «русскоравнинного» . Но в отличии от них, гаплотип Т присутствует среди 31 китайского.

Всё это можно трактовать так, что гаплотип 14-12-12-29-13 это гаплотип общего предка c гаплогруппой  К и он разошёлся в линию Т и в линию R1a1.

[Лабай А.А.]

Для  наглядности привожу неукоренённое дерево 31 северокитайского гаплотипа R1a1 плюс гаплотипы "индоевропейский" (ие) и "русскоравнинный"(рр). Красная стрелка показывает гипотетическую филогению от гаплотипа 28 (общий для Т и R1a1) до ИЕ и РВ.

[В.Юрковец]

Есть ещё одна интересная история.

Известно, что среди этнических групп Hul, Bolan, Dongxiang и Sala на севере Китая гаплогруппа R1a1 встречается с частотами 18, 25, 32 и 22% соответственно.

А.Клёсов в книге «Происхождение человека»(2010))  приводит 31 гаплотип в формате DYS 19, 388, 389-1, 389-2, 393.  Их общий предок жил примерно 21000+_3000 лет.

Его условный гаплотип 14 -12- 13 -30 -13.

Условный - это какой? И эти 31 гаплотип - это китайские гаплотипы?

[Лабай А.А.]

Да. Это гаплотипы с северного Китая. Дают самого древнего предка гаплогруппы R1a1 - 21000+_3000 лн ( Клёсов,2009;2010). Как он писал: "Вполне вероятно, что гаплогруппа R1a1 (точнее , новая мутация М17) появилась примерно 20 тысяч лет назад в южной Сибири..."

Базовый гаплотип - 14-12-13-30-13. Он так же может трактоваться как средний, условный предковый.

 

Ниже привожу дерево из 733 5 -маркерных гаплотипов гаплогруппы Т:

Красным выделены 17 гаплотипов 14-12-12-29-13, которые трактуются программой как предковый базовый (условный) гаплотип всего дерева.

 

[В.Юрковец]

Всё-таки на основе имеющегося материала удревнить гаплогруппу Т глубже R не получится. В то же время приведённое Вами древо имеет хорошую "крону", что говорит об успешном историческом пути гаплогруппы Т. Вы проводили сопоставление этого древа с его географией, этносами, языками? Может быть, мы здесь имеем дело с родом, вклад которого в историю ещё не оценён во всей полноте? Кто его знает, может "бесхозный" пока Чатал-куюк ваших рук дело?

[Лабай А.А.]

 

Всё-таки на основе имеющегося материала удревнить гаплогруппу Т глубже R не получится.

Валерий Павлович! Что "глубже " T или R это никому неизвестно. Но!!! Это разные ветви гаплогруппы К. Чтобы мужчина из носителя К превратился в носителя Т надо значительно меньше шагов чем в R. SNP вещь редкая и преимущество в быстроте превращения остаётся за Т.

Кроме того, расчёт жизни общих предков производится по современным гаплотипам, не учитыва прерванные генеалогические линии. Другими словами мы узнаем время прохождения современной популяции через "бутылочное горлышко", а не время появления первой гаплогрупной мутации.

[В.Юрковец]

Но филогению всё равно не отменишь.

 

(наверно, терминированные?)

[Лабай А.А.]

 

(наверно, терминированные?)

Спасибо! Исправил на "угасшие".

 

Но филогению всё равно не отменишь.

О ней и идёт речь. Смотрите:

К(M9)->LT(L298)->Т(М184)

К(M9)->К(хLT)M256->K2b(M1221)->P(P295)->P1(M45)->R(M207)

Вывод: 1) T старше R.

             2) Т младше R потому, что мутирование в другой ветви шло намного быстрее, чему доказательств нет.

Я склоняюсь к первому.

[В.Юрковец]

А не играет роли, учитываются прерванные линии или нет. Разница в мутациях между R и Т в любом случае укажет на истинную развилку. При добавлении ветвей только уменьшится доверительный интервал и всё.

[Лабай А.А.]

Отсутствующие ветви омолаживают возраст общего предка, расчитанного на основании постоянной скорости мутации маркеров в гаплотипах. Расчёты показывают, что современные популяции имеют, в основном, общего предка не более 20тлн. И то это редкость. Обычно 10 тлн и меньше.  Математически это означает, что утеряна информация о накопленных в роду мутациях. Для  преодоления этой проблемы А.Клёсов предложил методику расчёта по 22-маркерным базовым гаплотипам. Этот метод повысил планку за счет того, что в расчет брались "медленные" маркеры, а значит потери информации по накопленным мутациям уменьшились. Но по определению не свелись к нулю. А значит датировки остаются омоложенными по сравнению с истинными.

В SNP-филогении же, чем больше накоплено мутаций, тем ближе к современности возникла гаплогруппа или её субклад, так как счёт идёт от самого дальнего предка. Опровергнуть это может только доказательство того, что в разных ветвях скорость образования SNP разная.

Для SNP-филогении угасшие линии безразличны.

[В.Юрковец]

Если отсутствуют ветви, относящиеся к какому-то субкладу (например, Т), то ничего они не "омолаживают" - корень субклада всё равно остаётся там, где и был. Анатолий Алексеевич это многократно показывал на конкретных примерах - когда подобные ветви вдруг обнаруживались, он не влияли на возраст общего предка двух разных субкладов (например, Т и R1a1) при пересчёте с учётом новых данных.

Ограничения метода по возрасту возникают из-за возвратных мутаций, когда поправка выходит на ассимптоту и, следовательно, не может быть учтена. Поэтому для больших возрастов и применяют сверхмедленную панель, где поправка за возвратные мутации имеет уже другой порядок. Соответсвенно, эта панель имеет ограничения по минимальному возрасту.

 

SNP мутации - это единичные, по определению, мутации. Их количество не зависит от скорости мутаций, их целенаправленно отыскивают для маркировки узлов филогенеза. Сама методика их выделения не позволяет говорить о какой-либо скорости их появления. Разве что о скорости их обнаружения, которая в первом приближении является функцией количества выделенных ветвей с помощью микросателлитной филогении.

[Лабай А.А.]

 

Если отсутствуют ветви, относящиеся к какому-то субкладу (например, Т), то ничего они не "омолаживают" - корень субклада всё равно остаётся там, где и был.

 

 Омолаживает и ещё как. Так например произошло с расчетом общего предка гаплогруппы С. Кратко здесь:

http://dna-genealogy...горы/#entry1515.

Если надо, то покажу этот процесс подробнее.

 

SNP мутации - это единичные, по определению, мутации. Их количество не зависит от скорости мутаций, их целенаправленно отыскивают для маркировки узлов филогенеза. Сама методика их выделения не позволяет говорить о какой-либо скорости их появления. Разве что о скорости их обнаружения, которая в первом приближении является функцией количества выделенных ветвей с помощью микросателлитной филогении.

 

На самом деле скорость появления SNP явление объективное и даже eё пытаются подсчитать. По последним данным она равна в Y -хромосоме от  0,7х10^-9 до 0,9х10^-9 маркера в год на одно комплиментарное основание по сравнению с предковой. Другой вопрос, что методика мутная и особого практического применения не имеет.

Но как бы ни было, чем больше одиночных нуклеотидных полиморфизмов в Y-хромосоме, тем позднее образовалась эта комбинация по сравнению с предковым организмом.

[В.Юрковец]

 Омолаживает и ещё как. Так например произошло с расчетом общего предка гаплогруппы С. Кратко здесь:

http://dna-genealogy...горы/#entry1515.

Если надо, то покажу этот процесс подробнее.

Я же написал - при определении общего предка разных субкладов, а не внутри ветви. Там действительно может определиться не корень гаплогруппы, а бутылочное горлышко.

 

 

На самом деле скорость появления SNP явление объективное и даже eё пытаются подсчитать. По последним данным она равна в Y -хромосоме от  0,7х10^-9 до 0,9х10^-9 маркера в год на одно комплиментарное основание по сравнению с предковой. Другой вопрос, что методика мутная и особого практического применения не имеет.

Но как бы ни было, чем больше одиночных нуклеотидных полиморфизмов в Y-хромосоме, тем позднее образовалась эта комбинация по сравнению с предковым организмом.

Критерием SNP является её "единственность". Просто выбираются те мутации, которые соответствуют этому условию. А это уже не позволяет говорить о скорости. Хотя их появление, конечно, тоже статистически обусловлено. Поэтому и методика мутная.

[Лабай А.А.]

 

Я же написал - при определении общего предка разных субкладов, а не внутри ветви. Там действительно может определиться не корень гаплогруппы, а бутылочное горлышко.

Совершенно верно. Это касается расчётов по STR. А они приводят к предку, жившему  не далее чем 20 тлн в редких случаях.

 

Критерием SNP является её "единственность".

Не совсем. К гаплогруппе или её субкладу приводит целая цепь этих "единственных" SNP. И чем эта цепь длинее, тем позже эта гаплогруппа образовалась. Никто ведь не возражает, что гаплогруппа R1a1 образовалась позже гаплогруппы R. Это во-первых. Во-вторых, никто не знает насколько устойчивы эти мутации. Просто сейчас удобно считать их "вечными".

[В.Юрковец]

Совершенно верно. Это касается расчётов по STR. А они приводят к предку, жившему  не далее чем 20 тлн в редких случаях.

Вы забыли про сверхмедленную 22-маркерную панель.

 

Не совсем. К гаплогруппе или её субкладу приводит целая цепь этих "единственных" SNP. И чем эта цепь длинее, тем позже эта гаплогруппа образовалась. Никто ведь не возражает, что гаплогруппа R1a1 образовалась позже гаплогруппы R. Это во-первых. Во-вторых, никто не знает насколько устойчивы эти мутации. Просто сейчас удобно считать их "вечными".

Я не в этом смысле. А в том, что снипом считают ту мутацию, которая раз случившись, уже не мутирует в течение очень длительного срока. Вы и сами использовали это смысл, написав про "устойчивость" и "вечность". На настоящий момент они вечны, а что будет через миллион лет никто не знает. Хотя качественный принцип - чем их больше, тем древнее ветвь, верен. Но количественных параметров никто определить не может именно ввиду этого принципа их выделения.

[Лабай А.А.]

 

Вы забыли про сверхмедленную 22-маркерную панель.

Нет! Не забыл. Там тоже самое. Конкретная ветвь, что по "медленным", что по всем маркерам, что пермутационным методом даёт примерно один результат. Иначе ДНК-генеалогия потеряла бы смысл.

Другой вопрос, что А.Клёсов предложил расчет общего предка разрозненных ветвей одной или разных гаплогрупп путем расчета жизни общего предка по  22-маркерным базовым гаплотипам. Именно так было расчитано время жизни общего предка всех гаплогрупп - 300 тлн. Но точность априори не высокая и требует уточнения по ископаемым останкам.

 

Но количественных параметров никто определить не может именно ввиду этого принципа их выделения.

Согласен.

 

На настоящий момент они вечны, а что будет через миллион лет никто не знает. Хотя качественный принцип - чем их больше, тем древнее ветвь, верен.

Когда мы говорим о STR мутациях (гаплотипах), то отталкиваемся от современности и считаем, чем больше в ветви накопилось мутаций тем древнее ветвь.

Если говорим об SNP мутациях, то счёт идёт от древности к современности. Чем больше мутаций, тем моложе гаплогруппа или её субклад.

[В.Юрковец]

Нет! Не забыл. Там тоже самое. Конкретная ветвь, что по "медленным", что по всем маркерам, что пермутационным методом даёт примерно один результат. Иначе ДНК-генеалогия потеряла бы смысл.

Как там может получиться один результат, если сверхмедленная панель "заточена" на большие датировки. У них разрешающая способность разная - телескоп и микроскоп, образно выражаясь. Где видит одна панель, там не видит другая.

 

Когда мы говорим о STR мутациях (гаплотипах), то отталкиваемся от современности и считаем, чем больше в ветви накопилось мутаций тем древнее ветвь.

Если говорим об SNP мутациях, то счёт идёт от древности к современности. Чем больше мутаций, тем моложе гаплогруппа или её субклад.

Во втором случае вообще нельзя говорить количестве мутаций. Их миллионы в любой гаплогруппе и субкладе. И любую гаплогруппу, используя общее количество мутаций, можно детализировать до какой угодно степени. Но вот количество ВЫБРАННЫХ из этого моря мутаций зависит не от общего количества, а от постановки задачи - найти узлы филогенеза.Поэтому чем больше мутаций, тем детальнее филогения - в ней выявлено большее количество узлов. Но это говорит не о молодости гаплогруппы, а о степени детальности изучения её филогенеза. Совпадение с возрастом здесь чисто механическое и КАЧЕСТВЕННОЕ. Его количественная сторона не может быть перенесена на другие гаплогруппы, с менее или более детально препарированной филогенией.

[Лабай А.А.]

 

Как там может получиться один результат, если сверхмедленная панель "заточена" на большие датировки. У них разрешающая способность разная - телескоп и микроскоп, образно выражаясь. Где видит одна панель, там не видит другая.

Не верите мне, посмотрите работы А.Клёсова, где он часто обсчитывает ветви разными методами и сравнивает их. И не надо путать 22-маркерные гаплотипы конкретных людей, которые созданы , например, из 67-маркерных, и вычисленные БАЗОВЫЕ гаплотипы предполагаемого предка группы (ветви) конкретных людей.

 

Во втором случае вообще нельзя говорить количестве мутаций. Их миллионы в любой гаплогруппе и субкладе.

Речь идёт только об определяющих мутациях, по которым определяются гаплотипы. Для конкретного человека их определяют (по памяти) около 300.

[В.Юрковец]

Не верите мне, посмотрите работы А.Клёсова, где он часто обсчитывает ветви разными методами и сравнивает их. И не надо путать 22-маркерные гаплотипы конкретных людей, которые созданы , например, из 67-маркерных, и вычисленные БАЗОВЫЕ гаплотипы предполагаемого предка группы (ветви) конкретных людей.

Какие работы Вы имеете ввиду?

 

 

Речь идёт только об определяющих мутациях, по которым определяются гаплотипы. Для конкретного человека их определяют (по памяти) около 300.

Я об этом и говорю - это выборочные мутации, поэтому статистику (на основе которой определяют скорости) по ним считать бессмысленно.