Перейти к содержимому

 

Фото

Игорь Львович Рожанский. Расчёт Времени Жизни Общего Предка.


  • Чтобы отвечать, сперва войдите на форум
Нет ответов

#1 В.Юрковец

В.Юрковец

    Advanced Member

  • Administrators
  • 1 347 сообщений

Опубликовано 09 Февраль 2014 - 13:58

Достаточно часто на форуме возникают вопросы, как оценивать времена из генетических дистанций между гаплотипами или общего количества мутаций в выборке. Все методики подробно разъяснялись в Вестнике, но он не всегда оказывается доступен для загрузки, да и новичкам не так просто в нем ориентироваться.

Потому выкладываю в сжатом виде данные для расчетов.

 

Rozhanskiy.JPG.jpg

Чтобы получить датировку, надо вначале пересчитать ген. дистации в расчете на один маркер, затем из графика определить поправку на возвратные мутации, добавить ее к наблюдаемой величине и умножить корректированное значение на число маркеров в используемом стандарте. Умножение этой цифры на соответствующую скорость мутации из таблицы и округление до целого числа даст датировку в условных поколениях. Умножение на 25 даст то же в годах.

Кто умеет пользоваться научным калькулятором или MS Excel'ем, могут считать по формуле

M(corr)=M*(1+exp(M/n/k))/2,

где M(corr) - корректированное число мутаций, М - экспериментальное число мутаций, n - количество гаплотипов в выборке, и k - количество маркеров в одном гаплотипе. Подразумеваетя, что сравниваются гаплотипы с одним и тем же набором маркеров - для "разнокалиберных" выборок нет надежных калибровок. Если сравниваются 2 гаплотипа, то n=1, поскольку один из гаплотипов принимается за эталон, и в счете не участвует. Для выборки из многих гаплотипов в качестве эталона выступает, как правило, ее базовый гаплотип.

В таблице на рисунке приведены скорости мутаций для самых ходовых стандартов, полученные путем калибровки по 13-ти надежным документальным родословным и 53-м генеалогическим линиям, однородно сходящимся к своим базовым гаплотипам. Для 43- и 111-маркерных форматов скорости получены на меньшем количестве данных, потому помечены как предварительные.






0 пользователей читают эту тему

0 пользователей, 0 гостей, 0 скрытых

Copyright © 2020 Академия ДНК-генеалогии. Климатический филиал