Достаточно часто на форуме возникают вопросы, как оценивать времена из генетических дистанций между гаплотипами или общего количества мутаций в выборке. Все методики подробно разъяснялись в Вестнике, но он не всегда оказывается доступен для загрузки, да и новичкам не так просто в нем ориентироваться.
Потому выкладываю в сжатом виде данные для расчетов.
Чтобы получить датировку, надо вначале пересчитать ген. дистации в расчете на один маркер, затем из графика определить поправку на возвратные мутации, добавить ее к наблюдаемой величине и умножить корректированное значение на число маркеров в используемом стандарте. Умножение этой цифры на соответствующую скорость мутации из таблицы и округление до целого числа даст датировку в условных поколениях. Умножение на 25 даст то же в годах.
Кто умеет пользоваться научным калькулятором или MS Excel'ем, могут считать по формуле
M(corr)=M*(1+exp(M/n/k))/2,
где M(corr) - корректированное число мутаций, М - экспериментальное число мутаций, n - количество гаплотипов в выборке, и k - количество маркеров в одном гаплотипе. Подразумеваетя, что сравниваются гаплотипы с одним и тем же набором маркеров - для "разнокалиберных" выборок нет надежных калибровок. Если сравниваются 2 гаплотипа, то n=1, поскольку один из гаплотипов принимается за эталон, и в счете не участвует. Для выборки из многих гаплотипов в качестве эталона выступает, как правило, ее базовый гаплотип.
В таблице на рисунке приведены скорости мутаций для самых ходовых стандартов, полученные путем калибровки по 13-ти надежным документальным родословным и 53-м генеалогическим линиям, однородно сходящимся к своим базовым гаплотипам. Для 43- и 111-маркерных форматов скорости получены на меньшем количестве данных, потому помечены как предварительные.
